Infection, anti-microbien, modélisation, évolution
Présentation
Rattaché à Paris Diderot, à l'INSERM ainsi qu'à l'université Paris 13, IAME est une unité multidisciplinaire (approche expérimentale, épidémiologie, modélisation statistique et mathématique) afin d’identifier les paramètres écologiques et évolutifs de l’adaptation des micro-organismes, en particulier ceux impliqués dans la virulence et la résistance aux antibiotiques. Le laboratoire dépend de deux départements de l'Alliance pour les sciences de la vie et de la santé (AVIESAN) : Maladies Infectieuses et Santé Publique. Situé sur le campus de Paris Diderot à la Faculté de médecine de l'Hôpital Bichat dans le nord de Paris, et relié à plusieurs hôpitaux universitaires à proximité, il offre une occasion unique de mélanger les scientifiques et cliniciens impliqués dans la recherche sur les maladies infectieuses. L'équipe consacrée à l'épidémiologie de la diversité écologique de Escherichia coli travaille sur le site Xavier Bichat (Université Paris 7) et aux laboratoires de Bactériologie des hôpitaux Avicenne et Jean Verdier.
Thèmes de recherche
Malgré un siècle d'efforts de prévention et de contrôle souvent fructueux, les maladies infectieuses restent un problème majeur de santé publique causant 13 millions de morts chaque année. De nouvelles maladies émergent, d'autres quasiment disparues ressurgissent, et l'on assiste au développement de la résistance aux agents antimicrobiens.
Deux types de causes expliquent ces données : les changements démographiques, comportementaux et technologiques des sociétés humaines associés aux modifications écologiques de la planète apparus durant le XXème siècle, et la capacité constante des microorganismes à évoluer et s'adapter. L'adaptation des populations repose sur la création de diversité génétique et l'action de la sélection naturelle. Parmi les mutants créés aléatoirement, la sélection naturelle ne retient que les individus les plus adaptés, soit les plus à même de survivre et de se reproduire dans leur environnement. Si de nombreux travaux ont très largement éclairci les aspects moléculaires de la virulence microbienne, peu d'études en revanche se sont appliquées à détailler les origines et conséquences évolutives de cette virulence.
Le but de notre recherche est de mieux détailler les paramètres écologiques et évolutifs qui permettent l'adaptation des microorganismes commensaux et pathogènes, et notamment ceux qui sont impliqués dans la transition d'un état à l'autre. Deux aspects sont essentiels pour comprendre l'évolution des microorganismes : l'adéquation entre leur génome et leur environnement d'une part et les contraintes agissant sur leur mode d'adaptation d'autre part.
Pour étudier ces deux aspects, nous avons choisi l'espèce Escherichia coli/Shigella, qui comprend des souches commensales du tube digestif mais aussi responsables de nombreuses pathologies intestinales et extra-intestinales, ainsi que les bactériophages phiX174 and phi6. A l'aide d'une approche mêlant (i) analyse de données génomiques (séquences de génomes complets, séquences de quelques gènes chez de nombreux isolats, présence/absence et expression de gènes) et (ii) analyse de nombreux phénotypes (croissance, activité métabolique, résistance aux stress divers dont les antimicrobiens, colonisation et virulence dans divers modèles animaux, circonstances cliniques d'isolement) sur des panels d'isolats naturels, nous souhaitons comprendre comment les génomes des microorganismes ont évolué et le lien avec l'émergence de la virulence.
Equipements
Structures L2, Automates incubateur/lecteur de DO
[hal-03704080] CD4 Cell Count Response to First-Line Combination ART in HIV-2+ Patients Compared with HIV-1+ Patients: A Multinational, Multicohort European Study
Date: 27 juin 2022 - 16:06
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[hal-03704077] Silent Cerebral Small-Vessel Disease Is Twice as Prevalent in Middle-Aged Individuals With Well-Controlled, Combination Antiretroviral Therapy\textendashTreated Human Immunodeficiency Virus (HIV) Than in HIV-Uninfected Individuals
Date: 27 juin 2022 - 16:05
Desc: [...]
[hal-03704030] Prevalence and Clinical Impact of Minority Resistant Variants in Patients Failing an Integrase Inhibitor-Based Regimen by Ultra-Deep Sequencing
Date: 27 juin 2022 - 16:05
Desc: [...]
[hal-01935342] Antibiotics for amniotic-fluid colonization by Ureaplasma and/or Mycoplasma spp. to prevent preterm birth: A randomized trial
Date: 26 juin 2022 - 13:10
Desc: Objective: To assess whether antibiotics used for treatment in asymptomatic second-trimester women positive for Mycoplasma or Ureaplasma spp. detected by amniotic-fluid PCR prevents preterm delivery. Design: A randomized, double-blind, placebo-controlled trial. Setting: 10 maternal fetal medicine centers in France. Population: Women with a singleton pregnancy who underwent amniocentesis between 16 and 20 weeks' gestation (weeks) for Down syndrome screening. A sample of 238 women with PCR-positive findings per treatment group was needed to show a 50% reduction in the preterm delivery rate. Methods: Amniotic fluid was tested. Women with positive findings on real-time PCR of amniotic fluid for Mycoplasma hominis, Mycoplasma genitalium, Ureaplasma urealyticum and Ureaplasma parvum were randomized to receive josamycin or placebo. Amniotic fluid was also tested for 16S PCR. Main outcome measures The primary outcome was delivery before 37 weeks. Results: In total, 1043 women underwent amniotic-fluid screening with specific PCR detection between July 2008 and July 2011: PCR detection failed in 27 (2.6%), and 20 (1.9%) underwent termination of pregnancy. Among the 1016 women with PCR results, 980 had available data for the primary outcome (delivery before 37 weeks) and 29 (3.0%) were positive for Ureaplasma and/or Mycoplasma spp. Because of the low rate of women with PCR-positive findings, the trial was stopped prematurely. In total, 19 women were randomized to receive placebo (n = 8) or josamycin (n = 11) and their characteristics were comparable, as was the rate of preterm delivery and secondary outcomes. In comparing all PCR-positive and -negative women regardless of treatment, PCR positivity for Ureaplasma and/or Mycoplasma spp. was not associated with any adverse pregnancy or neonatal outcome. Amniotic-fluid screening by 16S PCR showed no other bacterial colonization associated with preterm birth. Conclusions: Because of a low amniotic fluid colonization rate, the trial was interrupted. Maternal amniotic-fluid colonization by Mycoplasma and/or Ureaplasma spp. at 16-20 weeks in asymptomatic women is rare and not associated with adverse pregnancy outcomes.
[hal-01595458] Inventory of extended-spectrum-β-lactamase-producing Enterobacteriaceae in France as assessed by a multicenter study
Date: 26 juin 2022 - 13:10
Desc: The objective of this study was to perform an inventory of the ESBL-producing Enterobacteriaceae isolates responsible for infections in French hospitals, and to assess the mechanisms associated with ESBL diffusion. 200 non-redundant ESBL-producing Enterobacteriaceae strains isolated from clinical samples were collected during a multi-centric study performed in 18 representative French hospitals. Antibiotic resistance genes were identified by PCR and sequencing experiments. The clonal relatedness between isolates was investigated by the Diversilab system. ESBL-encoding plasmids were compared by PCR-based-replicon-typing and plasmid-multi-locus-sequence-typing. CTX-M-15, CTX-M-1, CTX-M-14 and SHV-12 were the most prevalent ESBLs (8 to 46.5%). The three CTX-M-type EBSLs were significantly observed in Escherichia coli (37.1%, 24.2% and 21.8% respectively), and CTX-M-15 was the predominant ESBL in Klebsiella pneumoniae (81.1%). SHV-12 was associated with ESBL-encoding Enterobacter cloacae strains (37.9%). qnrB, aac(6')-Ib-cr and aac (3)-II genes were the main plasmid-mediated resistance genes, with prevalence varying between 19.5 and 45% according to the ESBLs. Molecular typing did not identify wide clonal diffusion. Plasmid analysis suggested the diffusion of few numbers of ESBL-encoding plasmids, especially in K. pneumoniae and E. cloacae However, the ESBL-encoding genes were observed in different plasmid replicons according to the bacterial species. The prevalence of ESBL subtypes is different according to the Enterobacteriaceae species. Plasmid spread is a key determinant of this epidemiology and the link observed between the ESBL-encoding plasmids and the bacterial host explain the differences observed in the Enterobacteriaceae species.
Autres contacts
Hôpital Robert Debré
48, boulevard Sérurier
75935 PARIS CEDEX 19
