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Infection, anti-microbien, modélisation, évolution

IAME

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Université Paris Diderot - Paris 7

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UMRS

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INSERM, Paris 13

Présentation

Rattaché à Paris Diderot, à l'INSERM ainsi qu'à l'université Paris 13, IAME est une unité multidisciplinaire (approche expérimentale, épidémiologie, modélisation statistique et mathématique) afin d’identifier les paramètres écologiques et évolutifs de l’adaptation des micro-organismes, en particulier ceux impliqués dans la virulence et la résistance aux antibiotiques. Le laboratoire dépend de deux départements de l'Alliance pour les sciences de la vie et de la santé (AVIESAN) : Maladies Infectieuses et Santé Publique. Situé sur le campus de Paris Diderot à la Faculté de médecine de l'Hôpital Bichat dans le nord de Paris, et relié à plusieurs hôpitaux universitaires à proximité, il offre une occasion unique de mélanger les scientifiques et cliniciens impliqués dans la recherche sur les maladies infectieuses. L'équipe consacrée à l'épidémiologie de la diversité écologique de Escherichia coli travaille sur le site Xavier Bichat (Université Paris 7) et aux laboratoires de Bactériologie des hôpitaux Avicenne et Jean Verdier.

Thèmes de recherche

Malgré un siècle d'efforts de prévention et de contrôle souvent fructueux, les maladies infectieuses restent un problème majeur de santé publique causant 13 millions de morts chaque année. De nouvelles maladies émergent, d'autres quasiment disparues ressurgissent, et l'on assiste au développement de la résistance aux agents antimicrobiens.

Deux types de causes expliquent ces données : les changements démographiques, comportementaux et technologiques des sociétés humaines associés aux modifications écologiques de la planète apparus durant le XXème siècle, et la capacité constante des microorganismes à évoluer et s'adapter. L'adaptation des populations repose sur la création de diversité génétique et l'action de la sélection naturelle. Parmi les mutants créés aléatoirement, la sélection naturelle ne retient que les individus les plus adaptés, soit les plus à même de survivre et de se reproduire dans leur environnement. Si de nombreux travaux ont très largement éclairci les aspects moléculaires de la virulence microbienne, peu d'études en revanche se sont appliquées à détailler les origines et conséquences évolutives de cette virulence.

Le but de notre recherche est de mieux détailler les paramètres écologiques et évolutifs qui permettent l'adaptation des microorganismes commensaux et pathogènes, et notamment ceux qui sont impliqués dans la transition d'un état à l'autre. Deux aspects sont essentiels pour comprendre l'évolution des microorganismes : l'adéquation entre leur génome et leur environnement d'une part et les contraintes agissant sur leur mode d'adaptation d'autre part.

Pour étudier ces deux aspects, nous avons choisi l'espèce Escherichia coli/Shigella, qui comprend des souches commensales du tube digestif mais aussi responsables de nombreuses pathologies intestinales et extra-intestinales, ainsi que les bactériophages phiX174 and phi6. A l'aide d'une approche mêlant (i) analyse de données génomiques (séquences de génomes complets, séquences de quelques gènes chez de nombreux isolats, présence/absence et expression de gènes) et (ii) analyse de nombreux phénotypes (croissance, activité métabolique, résistance aux stress divers dont les antimicrobiens, colonisation et virulence dans divers modèles animaux, circonstances cliniques d'isolement) sur des panels d'isolats naturels, nous souhaitons comprendre comment les génomes des microorganismes ont évolué et le lien avec l'émergence de la virulence.

Equipements

Structures L2, Automates incubateur/lecteur de DO

[hal-03127750] Antimicrobial resistance in leprosy: results of the first prospective open survey conducted by a WHO surveillance network for the period 2009–15

Date: 1 Feb 2021 - 16:29

Desc: [...]

[hal-03909600] Use of Andromas and Bruker MALDI-TOF MS in the identification of Neisseria

Date: 21 Dic 2022 - 15:00

Desc: [...]

[hal-02465736] Influence of dyskalemia at admission and early dyskalemia correction on survival and cardiac events of critically ill patients

Date: 1 Feb 2024 - 15:13

Desc: OBJECTIVES: Our objectives were (1) to characterize the distribution of serum potassium levels at ICU admission, (2) to examine the relationship between dyskalemia at ICU admission and occurrence of cardiac events, and (3) to study both the association between dyskalemia at ICU admission and dyskalemia correction by day 2 on 28-day mortality. DESIGN: Inception cohort study from the longitudinal prospective French multicenter OUTCOMEREA database (1999-2014) SETTING: 22 French OUTCOMEREA network ICUs PATIENTS: Patients were classified into six groups according to their serum potassium level at admission: three groups of hypokalemia and three groups of hyperkalemia defined as serious hypokalemia [K+] \textless 2.5 and serious hyperkalemia [K+] \textgreater 7 mmol/L, moderate hypokalemia 2.5 \textless/= [K+] \textless 3 mmol/L and moderate hyperkalemia 6 \textless [K+] \textless/= 7 mmol/L, and mild hypokalemia 3 \textless/= [K+] \textless 3.5 mmol/L and mild hyperkalemia 5 \textless [K+] \textless/= 6 mmol/L. We sorted evolution at day 2 of dyskalemia into three categories: balanced, not-balanced, and overbalanced. INTERVENTION: None MEASUREMENTS AND MAIN RESULTS: Of 12,090 patients, 2108 (17.4%) had hypokalemia and 1445 (12%) had hyperkalemia. Prognostic impact of dyskalemia and its correction was assessed using multivariate Cox models. After adjustment, hypokalemia and hyperkalemia were independently associated with a greater risk of 28-day mortality. Mild hyperkalemic patients had the highest mortality (hazard ratio (HR) 1.29, 95% confidence interval (CI) [1.13-1.47], p \textless 0.001). Adjusted 28-day mortality was higher if serum potassium level was not-balanced at day 2 (aHR = 1.51, 95% CI [1.30-1.76], p \textless 0.0001) and numerically higher but not significantly different if serum potassium level was overbalanced at day 2 (aHR = 1.157, 95% CI [0.84-1.60], p = 0.38). Occurrence of cardiac events was evaluated by logistic regression. Except for patients with serious hypokalemia at admission, the depth of dyskalemia was associated with increased risk of cardiac events. CONCLUSIONS: Dyskalemia is common at ICU admission and associated with increased mortality. Occurrence of cardiac events increased with dyskalemia depth. A correction of serum potassium level by day 2 was associated with improved prognosis.

[hal-04315737] Hepatocellular carcinoma is diagnosed at a later stage in alcoholic patients: Results of a prospective, nationwide study.

Date: 30 Nov 2023 - 13:36

Desc: BACKGROUND: Recent data suggest that alcohol-related hepatocellular carcinoma (HCC) is diagnosed at a later stage. The aim of this study was to compare HCC characteristics and outcomes in an alcohol-related group (group A) and a non–alcohol-related group (group NA). METHODS: A total of 1207 patients with newly diagnosed HCC were prospectively included between May 2008 and October 2009. Patients with multiple causes (alcohol plus another cause) were excluded. Patients were followed every year for 5 years. Recorded variables, including etiologies were tested as prognostic factors of survival in a multivariate Cox model after adjustments for a lead-time bias. RESULTS: In all, 894 patients were analyzed: 582 (65.1%) were in group A, and 312 (34.9%) were in group NA. Alcohol-related HCC was more likely to be diffuse and detected in patients with a worse performance status and worse liver function. After adjustments for a lead-time bias, the median overall survival (OS) was 9.7 and 5.7 months in groups NA and A, respectively (P = .0002), and 5.8 and 5.0 months in alcohol-abstinent and alcohol non-abstinent groups, respectively (P = .09). The prognostic role of alcohol disappeared when survival was assessed at each Barcelona Clinic Liver Cancer (BCLC) stage. Patients with HCC detected during a cirrhosis follow-up program (n = 199 [22.3% of the whole cohort]) had increased lead time–adjusted median OS in comparison with patients with HCC diagnosed incidentally (11.7 vs 5.4 months; P < .0001). CONCLUSIONS: In comparison with patients with non–alcohol-related HCC, patients with alcohol-related HCC have reduced OS, mainly because of worse liver function and tumor characteristics at diagnosis, as attested by similar survival within each BCLC stage. Cancer 2018;124:1964-72. © 2018 American Cancer Society.